Ryozo Tsujimoto, il produttore di Monster Hunter, ha spiegato come le versioni di Monster Hunter 3 Ultimate per Nintendo 3DS e Wii U funzioneranno sinergicamente insieme. Al fine di visualizzare i dati salvati da entrambe le versioni, bisognerà scaricare una applicazione gratuita direttamente dall'eShop del 3DS, così da trasferire i salvataggi da Wii U al 3DS e viceversa. Si potrà utilizzare il Wii U assieme a un numero massimo di tre Nintendo 3DS per giocare in cooperativa locale a 4 giocatori tramite l'uso della connessione Wi-Fi. Così facendo, affermano, verrà riempita quindi la mancanza dell'online sulla versione 3DS.

Proprio su questo sempre Ryozo Tsujimoto recentemente ha spiegato il motivo per cui la versione 3DS di Monster Hunter 3: Ultimate non include la componente multiplayer. Egli ha rivelato che il team di sviluppo stava riscontrando problemi nell'implementare la modalità online sul Nintendo 3DS, rischiando di abbassare la qualità del gioco, per cui hanno dcison di non rilasciare qualcosa che non funzionasse ottimamente.