Il Nintendo e-Shop del Wii U sarà disponibile fin dal giorno del lancio di quest'ultimo. Nintendo ha affermato che grazie all'e-Shop si potranno acquistare sia le versioni digitali dei titoli Wii U che alcuni giochi scaricabili a basso prezzo, i "Wii U Ware" (nome provvisorio).
Le modalità di acquisto sono praticamente le stesse del Nintendo e-Shop del 3DS:

- Acquisto dei giochi tramite carta di credito.
- Acquisto tramite carte prepagate che si potranno trovare nei negozi.
- Acquisto tramite un codice di download, distribuito in eventi o comprato.