I Boss

-Chaos Zero: Versione originale di Chaos, il suo nucleo è il punto vulnerabile.
-Combattuto con: Sonic

-Chaos 2: La versione di Chaos con due smeraldi, è più basso ma ha le braccia più grosse.
-Combattuto con: Knuckles

-Chaos 4: La versione di Chaos con quattro smeraldi che assomiglia a un pesce e attacca sott'acqua.
-Combattuto con: Sonic, Tails, Knuckles

-Chaos 6: La versione di Chaos con sei smeraldi, è molto rotondo e possiede dei tentacoli.
-Combattuto con: Sonic, Knuckles, Big

-Zero: Nome in codice "E-100 Alpha", ha una grossa testa e assomiglia a un bidone.
-Combattuto con: Amy

-Robot Serie E-100: Quattro robot simili a E-102 Gamma (ad eccezione di E-105 Zeta che si trasforma), differiscono solo per colore.
-Combattuti con: E-102 Gamma

-E-101 MK2: Versione potenziata di E-101 Beta, può parare tutti gli attacchi ma la schiena è vulnerabile.
-Combattuto con: E-102 Gamma

-Egg Hornet: Versione potenziata dell'Eggpod di Eggman, può lanciare missili e scavare nel terreno.
-Combattuto con: Sonic, Tails

-Egg Walker: Boss finale della storia di Tails, può creare delle onde che danneggiano il giocatore. Può anche lanciare bombe e missili.
-Combattuto con: Tails

-Egg Viper: Boss finale della storia di Sonic, può lanciare dei raggi che danneggiano il giocatore. Può anche lanciare un raggio esplosivo e due lame rotanti.
-Combattuto con: Sonic

-Perfect Chaos: Il vero Boss finale del gioco, è la versione con sette smeraldi di Chaos. La battaglia è suddivisa in due fasi, ma la seconda è decisamente più difficile. Se si perdono tutti i Ring, perderete anche una vita.
-Combattuto con: Super Sonic